Începutul secolului XVII nu a fost de bun augur Sighişoarei. În 1601, Orașul de Jos a fost devastat de trupele imperiale comandate de Giorgio Basta. Lor le-au urmat o armată secuiască care a ocupat orașul și a pătruns și în cetate. Secuii au reuşit să ia cetatea cu ajutorul trădării lui Iacob Schwartz, un membru al sfatului Orașului, pedepsit apoi de populație și aruncat de pe acoperișul propriei case. După opt luni de ocupație secuiască, orașul era devastat. În acest context, în 1603 a izbucnit o epidemie de ciumă în care au murit 2.000 de sighișoreni.
Încercările prin care a trecut orașul au continuat: în 1647, epidemia de ciumă a ucis aproape 1.800 de locuitori iar în 1709 epidemia de ciumă a secerat peste o cincime din locuitori, adică circa 4.000 de suflete, totul a inceput cand in Sighişoara vine un comerciant de blănuri care tocmai scăpase de o carantină de ciumă de la Gheorgheni. Negustorul aduce cu el ciuma şi, în trei săptămâni, trei sferturi dintre locuitorii cetăţii mor. Deasemenea de la doua fete care serveau in casele din Sighisoara ciuma s-a raspindit si in scaunul Odorhei si a facut ravagii oribile in intregul scaun.
