Pentru locuitorii Sighisoarei perioada cea mai grea a fost intre anii 1601-1676, aproape un secol incarcat de calamitati naturale, razboaie, jafuri, molime si incendii. La 30 aprilie 1676, Sighişoara cade pradă unui incendiu devastator. Andreas Gobbel, jude regal, scrie: „…bătea atunci un vânt straşnic care a dat focului o forţă extraordinară. În acest incendiu au pierit vreo 20 de oameni, astfel încât nu li s-au mai găsit nici oasele”. În decurs de şase ore, au ars 624 de case, 120 de ferme, şapte turnuri de apărare, printre care şi cel cu ceas, şi două biserici.
Incendiul a distrus multe imobile din Cetate, printre care si Turnul cu Ceas. Acesta va fi refacut in 1677 de catre arhitectii Veit Gruber din Tirol si Filip Bonge din Salzburg si de catre dulgerul Valentin. Se pare ca dupa marele incendiu cu ocazia lucrarilor de restaurare s-au zidit portiile gangului sudic, in interiorul acesteia amenajandu-se o inchisoare, al carei interior se poate vedea si astazi. Actuala infatisare a Cetatii se datoreaza efortului de reconstructie survenit dupa marele incendiu, cand toate casele au fost reconstruite din caramaida si piatra, s-a modificat structura stradala a intregii Cetati, s-a schimbat acoperisul Turnului cu Ceas, dandu-i-se actuala infatisare.
